Rodio se u Crncu kraj Siska u kojem je završio gimnaziju, a potom i Veterinu u Zagrebu. U II. svjetskom ratu nakon što su mu ustaše ubile oca i tri brata priključio se partizanima. Iako je za vrijeme rata bio teško ranjen, preživio je i postao časnik JNA gdje je 1966. dogurao do čina general pukovnika. Za vrijeme hrvatskog proljeća 1971. godine priključio se hrvatskim reformistima, pa je odlukom Josipa Broza Tita isključen iz JNA zajedno s još 19 hrvatskih generala. Do osamostaljenja Republike Hrvatske nije mogao javno govoriti niti djelovati.
Tijekom Domovinskog rata Bobetko je odbijao ponuđeno mjesto Ministra obrane Republike Hrvatske, ali se uključuje u Domovinski rat na Banovini, a 10. travnja 1992. godine predsjednik dr. Franjo Tuđman mu dodjeljuje čin generala zbora Hrvatske vojske. Iste godine preuzima zapovjedništvo na Južnom bojištu tijekom kojeg uspješno vodi akcije deblokade Dubrovnika i operacije u dubrovačkom zaleđu: „Tigar“, „Konavle“ i „Vlaštica“.
Nakon toga, u studenom 1992. godine, postaje načelnik Glavnog stožera Oružanih snaga Republike Hrvatske zamijenivši generala Antona Tusa. Nakon deblokade Dubrovnika i okolice istaknuo se u vođenju operacija „Maslenica“ i „Medački džep“. Zbog ove zadnje optužen je za ratne zločine no nije htio primiti optužnicu i rekao je da u Haag neće dok je živ. U knjizi “Sve moje bitke” izdanoj 1996. godine napisao je:
“Imam čist obraz koji mi dopušta da iza sebe ostavim pisani trag o svemu što sam radio i dovršio kroz svoj više od pet desetljeća dug vojni i politički život.”.
General Janko Bobetko preminuo je 29. travnja 2003. godine u Zagrebu.