Orgulje kominske crkve Svetih Triju kraljeva, zbog svojih tehničko-akustičkih karakteristika, predstavljaju iznimno vrijedan kulturni spomenik ne samo spomenutog kraja, već orguljskog krajolika cijele Hrvatske. Nastale su sredinom 18. stoljeća, najvjerojatnije u obiteljskoj radionici austrijske orguljarske obitelji Mittereitter. Imaju osam registara raspoređenih na jedan manual, a pedala nemaju. Inicijativom župnika, preč. Milana Maksimilijana Hercega 2015. godine odlučeno je obnoviti orgulje.
Njihovu iznimnu vrijednost, prepoznalo je i Ministarstvo Republike Hrvatske te je iste (2015.) godine odobrilo financijska sredstva za njihovu temeljitu obnovu. Restauratorsko-konzervatorski radovi na instrumentalnom ustroju povjereni su Umjetničkoj radionici Heferer iz Zagreba, a program obnove vodio je mag. art. Marko Đurakić (biskupijski povjerenik za orgulje) koji je ujedno bio i nadzornik radova. Temeljito obnovljene orgulje (bez pedala) vraćene su na pjevalište crkve u prosincu 2019. godine.
Na četvrtu adventsku nedjelju, 22. prosinca 2019. godine, tijekom svečanog misnog slavlja posvetio ih je župnik Milan Maksimilijan Herceg. Kolaudacijski koncert, nakon svete mise, izveli su križevčani, sopranistica Ana Fortuna i mo. Marko Đurakić. Osim što je ovaj događaj bio od iznimne važnosti ne samo za Župu i Bjelovarsko-križevačku biskupiju, on je ujedno bio posvećen i preminulom orguljaru Ivanu Faullendu Hefereru, voditelju Umjetničke radionice Heferer. Riječ je o posljednjem instrumentu koji je obnovljen za vrijeme dok je radionicu vodio I. F. Heferer. Na samom kraju župnik je zahvalio umjetnicima te svim zaslužnim za obnovu kominskih orgulja te mo. Marko Đurakiću uručio zahvalnicu za iznimno zalaganje i svesrdnu pomoć prilikom obnove kominskih orgulja.
